A barlangot és cseppköveit először 1549-ben említette egy Baselben megjelent munka. Bél Mátyás 1742-ben a Nititia Hungariae című híres földrajzi munkájában is szólt róla. Az 1700-as évek végétől egyre gyakrabban látogatott barlang első felmérését Sartory József készítette 1794-ben. Az első könyv magyar és német nyelven 1831-ben jelent meg a Baradla-barlangról, Vass Imre munkája nyomán. A barlang kiépítését József nádor látogatása alkalmából 1806-ban végezték el.
1881-ben a barlangot a Magyarországi Kárpát Egyesület kezelésébe adták. Ekkor épült a mai Magyarország első menedékháza is az aggteleki bejáratnál. Idegenforgalmi fejlesztését az 1920-as években kezdeményezték. Ekkor készült el a jósvafői kijárat, valamint a ma is használatos több mint száz híd. A legnagyobb változás akkor következett be, amikor kiépítették az elektromos hálózatot, és 1935-ben kigyulladt a fény a látogatott szakaszokon.
A Baradlát és a számos barlangot, valamint a településeket is magában foglaló Aggteleki Karszt területén 1985-ben Nemzeti Parkot hoztak létre. Az Aggteleki-karszt és a Szlovák-karszt barlangjai – 1995-ben felkerültek a Világ Természeti és Kulturális Örökségének (World Heritage) listájára.