Az 1975 nyarán megnyílt múzeumot 1993-ban – a művész születésének 100. évfordulóján – egy új épületszárny kialakításával bővítették, ahol Czóbel grafikái mellett a művész feleségének, Modok Mária festőművésznek alkotásaiból volt látható egy kamarakiállítás. A múzeum életében szomorú fordulatot jelentett a 2003. április 24-én hajnalban történt képrablás. Az első kiállítóterem ablakokkal szemközti faláról az alábbi négy festményt lopták el: Madelaine Daudet portréja, 1933; Pihenő nő, 1919; Kalapos nő, 1920-as évek; Ülő fiú, 1920. Szerencsére – valamint a kiterjedt rendőrségi nyomozómunka eredményeként – a négy elrabolt mű kevesebb mint fél év múlva sértetlen állapotban megkerült. Az új biztonsági berendezések beszereléséhez kapcsolódó teljes belső felújítás lehetővé tette, hogy új koncepció szerint átrendezett állandó kiállításon mutathassuk be a gyűjtemény anyagát.
A Czóbel életmű kiállítás újjárendezésének hármas szempontja:
* a korábbi esztétikai hangsúlyú rendezés helyett az életmű kronológiai bemutatása,
* egy kamarakiállítás sorozat elindítása és
* látogatóbarát centrikus rendezés megvalósítása.
Miután Czóbel Béla kétlaki életvitelében ősztől tavaszig általában Párizsban vagy más külföldi helyszíneken tartózkodott és nyaranta tért csak haza, a rendezés az első három teremben külön falrészeken a fontosabb külföldi helyszíneken alkotott hasonló stílusú festményeket csoportosítja időrendben 1940-ig. Miután 1940-1966 között Szentendrén, majd 1966-76 között Budapesten élt a művész és kiforrott stílusban alkotott, ebből az időszakból a különböző műfajokból – portrékból, csendéletekből, enteriőrökből, tájképekből – történt válogatás.
Az újjárendezés alkalmával Czóbel Béla művei a műfajok tükrében címmel évente váltakozó kamarakiállítás sorozatot indítunk, melynek első része: Válogatás Czóbel Béla akt festményeiből. A válogatás a művész utolsó évtizedének (1966-76) alkotásaiból történt, ugyanis múzeumunk tizennyolc akt képet őriz ebből az időszakból. Ezen belül kiemelt szerepet kapnak a tükrös akt kompozíciók, amelyek a kép és tükörkép, a valós és virtuális tér ábrázolásának érdekes szembesítésén alapulnak.
A rendezés kiemelt szerepet szánt a látogatóbarát tevékenységi program keretében egyes alkotások elemző bemutatásának és olyan műalkotásokkal illusztrált kronológiai táblázat szerepeltetésének, mely a művész életének változatos külföldi és hazai helyszíneit időrendi összefüggéseiben tárja a látogató elé. Az olvasópultokon elhelyezett magyar és angol nyelvre fordított műelemzések és a hozzájuk kapcsolódó kompozíciós vázlatok egyrészt a legjelentősebb alkotásokat elemzik, másrészt bemutatják, hogy az elsősorban koloristaként ismert művész alkotásainál rendkívül fontos elem a szerkezet is. Az elemzett műveknél még a látszatra egyszerűbbnek ható kompozíciók esetében is az válik nyilvánvalóvá, hogy sokszólamúan szervezett geometriai strukturáltságon alapulnak. (Schenk Lea művészettörténész)
