Mojzer Miklós 1931. november 7-én született Budapesten, az ELTE BTK muzeológia szakán 1955-ben végzett. Ettől az esztendőtől az esztergomi Keresztény Múzeum, 1957-től a Szépművészeti Múzeum Régi Képtára, 1974-től a Nemzeti Galéria Régi Gyűjteménye muzeológusa, 1977-től osztályvezetője, 1989-2004-ben a Szépművészeti Múzeum főigazgatója, 1981-től a Művészettörténeti Értesítő szerkesztője volt.

Részt vett az esztergomi Keresztény Múzeum modern rendjének kialakításában, a Nemzeti Galéria Régi Gyűjteményének kibővítésében, átformálásában. Kutatási területe a magyar barokk építészettörténet, építészeti ikonológia, európai és hazai késő gótikus és barokk festészet volt. Ő volt az a szakember, aki megfejtette a középkori magyarországi oltárképfestészet legnagyobb mesterének, a csak monogrammal jelzett M. S. Mesternek a személyét.

1998-tól a Magyar Képzőművészeti Egyetem díszdoktora. Több évtizedes művészettörténészi, gyűjtemény- és tudományszervezői munkássága, nagyra becsült múzeumvezetői tevékenysége elismeréseként 2005-ben megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend Középkeresztjét.

A budapesti Szépművészeti Múzeum vezetői és dolgozói közleményben fejezték ki megrendülésüket és együttérzésüket az elhunyt tudós családjával. Mojzer Miklóst augusztus 24-én vasárnap érte a halál. Esztergomban helyezik végső nyugalomra, a temetés időpontjáról később intézkednek.